De Stichting PCO-N is een onderdeel van de vereniging VCPO-N. De vereniging VCPO-N is voortgekomen uit de vereniging die ruim honderd jaar geleden de eerste christelijke scholen stichtte in Nieuwleusen. Door fusies zijn scholen en schoolwoningen onderdeel geworden van de vereniging VCPO-N.

Het bestuur van de vereniging heeft een aantal jaren geleden besloten een scheiding aan te brengen in het toezicht op de scholen en de woningen.

Stichting PCO-N (Primair Christelijk Onderwijs Nieuwleusen) is het formele bestuur van de vier scholen. De dagelijkse leiding is in handen van de directeur/bestuurder die verantwoording aflegt aan het Stichtingsbestuur.

Iedere school heeft een Medezeggenschapsraad (MR), die bestaat uit gekozen ouders en leerkrachten, die weer een afvaardiging heeft in de Gemeenschappelijke Medezeggenschapsraad (GMR).